买房协议上甲方盖的公章不明显，一般是有效的。根据《民法典》第一百四十三条的规定，具备下列条件的民事法律行为有效：（一）行为人具有相应的民事行为能力；（二）意思表示真实；（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。第四百九十条第一款规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。第五百零二条规定，依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。
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只有买卖双方的协议书，不经过买卖房屋登记，就没有所买的房屋产权，在物权上是不生效的。
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房屋买卖纠纷，违约责任是如果补充协议有约定按补充协议处理，没有约定按合同处理；补充协议一般理解为是对合同的补充或变更。